Como fazer o Windows Messenger / MSN Messenger parar de ser iniciado sempre com o computador?

Abra o infeliz, vá em "Ferramentas > Opções" e, na guia "Preferências", desmarque a opção de inicialização automática, como mostra a figura:

(não repare rs é que me deu a louca e estou usando o Windows em inglês)

É uma boa idéia fazer isso, pois com diversos programas iniciando automaticamente, o tempo para iniciar o Windows por completo demora mais. Além disso, todo e qualquer ícone que fica perto do relógio representa um programa em execução, ou seja, na memória. Quanto menos itens tiver ali, mais memória estará livre para os outros programas (tradução: o computador ficará mais rápido, ou pelo menos menos lento).

Depois inicie o Windows Messenger manualmente, se você for usá-lo, pelo "Iniciar > Programas…". Só não desative os programas que você usa logo ao iniciar o computador ou os que precisam ficar rodando, como os anti-virus.

Dica ++
Veja aqui o Autoruns, um programa que permite desativar os programas que se iniciam automaticamente, mesmo os que não possuem um meio acessível ou visual para isso (incluindo serviços, drivers, dispositivos, plug-ins do Internet Explorer, etc).